Через несколько лет после написания Паулом своего первого послания Тиметею, он вновь оказался в заключении в Риме (2:8-9). Однако на этот раз ему уже не суждено было выйти на свободу, его вскоре казнили по приказу римского императора Нерона. Паул осознавал, что его жизнь подходит к концу (4:6-8), и поэтому написал второе послание Тиметею, ободряя его стоять твёрдо в истине и не стыдиться свидетельства об Исе даже под угрозой гонений (1:8). Другая причина, по которой он пишет Тиметею, – это просьба навестить его вместе с Марком и принести ему плащ, чтобы спасаться от холода в римской темнице, а заодно и некоторые книги, которые он оставил. Все, кроме Луки, покинули его, и ему не хватало общения (4:9-15). Но несмотря ни на что, Паул был исполнен надежды, думая о Небесном Царстве и силе Повелителя, которая сохранит его до конца (4:18).

Тема этого послания – необходимость верности в жизни верующего, вне зависимости от того, какие гонения или лжеучения могут встретиться на жизненном пути. Паул перенёс всевозможные страдания, но остался верен и теперь мог радоваться завершению своих трудов (4:6-7). Он призывает Тиметея и других к такой же верности, чтобы общины верующих продолжали держаться Радостной Вести и в дальнейших поколениях (2:1-2).

Паул на протяжении всего послания подчёркивает ту мысль, что «все, кто хочет жить благочестиво, будут преследуемы» (3:12), и призывает Тиметея принять надлежащие ему страдания «как добрый воин Исы аль-Масиха» (2:3). Паул напоминает ему о его благочестивой семье (1:5), в которой он с детства был научен Священному Писанию, способному дать мудрость, ведущую к спасению (3:14-16); о благодати, которую Аллах планировал дать ему ещё до начала времён (1:9); о Радостной Вести, которую Паул возвещал (2:8-9); и о вечной награде, ожидающей всех, кто останется верен (2:11-12). В свете всего этого Тиметею не следовало стыдиться свидетельствования о Повелителе, но через силу Аллаха он должен был переносить все трудности ради Радостной Вести (1:8), точно и усердно преподавать учение Священного Писания и обличать лжеучителей (2:14-19, 24-26; 4:1-5), даже когда настанут тяжёлые времена, и злодеи и мошенники будут умножаться (3:1-9, 13). Тиметей должен был избегать всяких порочных желаний и искушений и стремиться к благочестию во всех сферах своей жизни (2:20-22). Лишь таким образом он мог быть уверен в получении того же «венца праведности», который ожидал и Паула, и всех, кто с нетерпением ждёт возвращения Исы (4:8).